林森突遇车祸，还有一种通行的说法，即5月10日，林森在国民政府公毕，在回官邸的路上，与一车相撞，汽车反弹到路边的树上，林森头部受到震动，当时只是略感不适。至12日上午准备赴国府出席外国大使递交国书仪式，上车后感到右脚发麻，动作困难，在将要到达国府时突然晕厥。之后的三天中，国民政府未作任何报道。直到5月16日，才在《》上发布了这样一条消息：
此后，几乎每天都由文官处发布林森的病情公告，在《》上对外公布，包括血压、呼吸、脉搏等。中央在重庆出版的《新华日报》，以及重庆各主要报纸，根据文官处发布的消息，每天也刊出了有关林森病况的报道。
自林森车祸后，各方对此事都十分关注。美国总统罗斯福、英王乔治等特发来电报表示慰问，美国大使、苏联大使等外国使节也前往探视林森的病况。
中央主席亦对林森的病情表示了慰问，并特意委托周恩来为代表前往林森的林园官邸探视。周恩来前往探视后，发现林森所住的双河桥官邸靠近新建成的成渝公路，林森躺在病榻上就能听见不远处汽车的轰鸣声。为此，周恩来特向重庆当局建议，将这条路进行改道，以确保林森主席能安静地休息。很快，当局责成有关施工单位，将成渝公路进行了改道。
此后，林森病情一直不太稳定。至7月31日，病情开始恶化，8月1日下午7时零4分，林森在双河桥官邸病逝，终年76岁。
林森逝世后，重庆的《》、《新华日报》等主要报纸，都刊载了国民政府文官处发布的林森患病经过的公告及逝世的消息。解放区的报纸也迅速报道了林森逝世的消息。
8月1日当晚11时半，国民党即召开了中常会，通过由蒋介石代理国民政府主席职务的决议，以及林森的治丧事宜。
国民政府通知五院及各部，各省市政府，并昭告国民周知；外交部通知各国驻华使领馆，并转知驻在国政府，并昭告侨胞。8月1日起，所有党政军机关停止娱乐活动一个月。全国各机关下半旗致哀一个月，民间下半旗三天。中央广播电台则反复播放林森在1943年元旦发表的坚持抗战到底演说的广播讲话录音。
大殓的灵堂设在林森的双河桥林园主席官邸。8月2日为公祭日。党政军官员首先进行了公祭。重庆全市停止交通三分钟，民众肃立，鸣礼炮101响。
8月7日上午，公祭林森的典礼分别在重庆的双河桥、市内的新运服务所以及夫子池忠义堂举行。典礼开始后，每隔30秒，即鸣放礼炮一发，直至101响。官方及民间人士络绎不绝地前往吊唁。同时，在重庆以及全国各地都设置灵堂进行了吊唁活动。
1943年11月17日，国民政府以国葬之礼将林森葬于重庆双河街山洞的林园。国民政府为林森修了一座规模不大的水泥陵墓，外形颇似南京国民政府第一任主席谭延闿的陵墓，但没有谭墓那么多的墓道、祭堂、亭台楼阁等建筑。由叶楚伧作墓志铭的铭文，吴敬恒篆额，居正缮写碑文。文曰：……公生平宁静淡泊，勤整廉贞，举措抑扬，不私奸匿，造次颠沛，不离规矩，居常和易，童稚可亲。临大难，持大节，则峥峥岳岳，凛乎如神……林森逝世后，国民党亦称其为“一代完人”、“千秋模范”。
林森逝世后，国民政府发布褒崇令曰：林故主席子超先生，以高龄钜德，任职十有二年，恭已临民，睿谟默运，育成民德，邦本用宁。故能临大事，决大疑，处变而不惊，慎谋而能断。洵足光耀史乘，表率群伦。
其不免有溢美之词，但在国民党党政军界，以林森如此洁身自好，平易近人，不媚权势，恬静淡泊，而且受到各方尊重、口碑颇佳，恐怕真是凤毛麟角了。
林森逝世时，正值抗战进入艰苦的时期。由于林森力主国共合作，竭力推崇包括在内的各党各派组成的国民参政会，一贯坚持“抗战到底”，坚决反对卖国求和；是一位德高望重、清廉持正、与世无争且很得人缘的国家元首，所以不仅国民党内对他很尊重，全国各个阶层、各个党派对林森的逝世也都十分关注。
8月2日，中央在重庆出版的机关报《新华日报》，为林森的逝世专门发表了一篇社论，题为《为元首逝世致哀》。中央主席亲自为中央起草了唁电，悼念林森的逝世。电报的全文如下：
国民政府林主席治丧委员会公鉴：国府主席林公，领导抗战，功在国家。兹闻溘逝，痛悼同深！谨此致唁。中国中央委员会。八月四日。
“领导抗战，功在国家”，这是中国不计前嫌，从全民族利益出发，对林森在抗战中坚持国共合作、团结御侮、奉行坚决抵抗日军侵略政策的言行给予的充分肯定，也是一个恰如其分的评价。
会场庄重肃穆，台上悬挂着林森的巨幅遗照，两侧放满了花圈，正面横批书有“追悼国府林故主席，要实行革命的，反对封建买办的法西斯主义”一行大字，会场遍贴“坚持抗战、团结进步”等标语。大会由林伯渠主祭，吴玉章与续范亭陪祭，边区政府分区的两名专员为司仪。林伯渠发表讲话说，我与林故主席都是同盟会老友，老国民党员。他的逝世，于公于私都甚悲悼……他并以延安各界的名义发布了“公祭林故主席祭文”，要求全国各界“在抗战空前险恶之秋，坚持抗战，团结进步，反对投降、分裂、倒退，再接再厉，驱敌出国，中华民族自当独立于地球”，全国人民要“风雨同舟，不胜不休，争取自由……”林故主席“如而有知，必赋同仇”。各位发言者都高度评价了林森团结抗战到底的一贯精神，抨击了国民党少数将领对抗战前途的失望、作战不力、甚至投降，以及顽固派不顾抗战大局对边区政府的进攻。
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